慶應義塾大学理工学部生命情報学科

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舟橋 啓

写真
(ふなはし あきら)
博士（工学）
居所：14-420
内線：48338
メール：funa＠bio.keio.ac.jp

本研究室では生命現象に関する疑問から理論モデルを構築、シミュレーションによる予測、実験による定量的検証、というボトムアップアプローチで生命現象のシステムレベルでの理解を目指しています。また、シミュレーション、データ解析、理論構築に必要となる技術基盤の開発も行っています。
There are many ways to answer the question: "What is life?". Our approach is to understand biological phenomena through dynamic models with mathematics, simulation and experiment. Our lab also?focuses on providing computational platform to support integration between theoretical and experimental work, which plays a key role in systems biology.

 

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略歴：
1995 慶應義塾大学理工学部卒業電気工学科卒業
1997 慶應義塾大学大学院理工学研究科計算機科学専攻 修士課程修了
2000 慶應義塾大学大学院理工学研究科計算機科学専攻 博士課程修了 （博士（工学））
1997 日本学術振興会 特別研究員（DC1）
2000 三重大学工学部情報工学科 助手
2002 科学技術振興機構 ERATO-SORST 北野共生システムプロジェクト 研究員
2007 慶應義塾大学理工学部 専任講師（生命情報学科）
2007 　兼システムバイオロジー研究機構 客員研究員
2009 慶應義塾大学理工学部 准教授（生命情報学科）
学会活動：
定量生物学の会
専門分野：
システム生物学、定量生物学、計算生物学、並列処理
授業担当科目：
学部: システムバイオロジー、 生命現象の分子科学、バイオプログラミング第2、 基礎生命実験、生命情報実験第2、生命情報特別講義第2
大学院: システムバイオロジー特論、 ポストゲノム生命科学方法論、先端創薬科学
最近の主な論文：

最新の業績はGoogle Scholarのページにあります

Novère, N. L., et al. "The systems biology graphical notation",
Nature Biotechnology, 27(8), pp.735-41, 2009.

Funahashi, A., Matsuoka, Y., Jouraku, A., Morohashi, M., Kikuchi, N., and Kitano, H. "CellDesigner 3.5: A Versatile Modeling Tool for Biochemical Networks", Proceedings of the IEEE, Special Issue: Computational Systems Biology. 96 (8). pp.1254-1265, 2008.

Funahashi, A., Jouraku, A., Matsuoka, Y., and Kitano, H. "Integration of CellDesigner and SABIO-RK." In Silico Biology. 7 (2). pp.S81-S90, 2007.

Nordling, T., Hiroi, N., Funahashi, A. and Kitano, H.,"Deduction of intracellular sub-systems from a topological description of the network",
Molecular BioSystems, 3(8), pp.523-529. 2007.

Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H. "Comparative studies of suppression of malignant cancer cell phenotype by antisense oligo DNA and small interfering RNA."
Cancer Gene Therapy. 13(1), pp. 7--12, 2006.

Kitano, H., Funahashi, A., Matsuoka, Y., and Oda, K. "Using process diagrams for the graphical representation of biological networks."
Nature Biotechnology. 23(8), pp. 961--966, 2005.

Oda, K., Matsuoka, Y., Funahashi, A., and Kitano, H. "A comprehensive pathway map of epidermal growth factor receptor signaling."
Nature Molecular Systems Biology. 1(1), pp. 1--17, 2005.

Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B. J., Keating, S. M., Shapiro, B. E., Matthews, J., Kovitz, B. L., Schilstra, M. J., Funahashi, A., Doyle J. C., and Kitano, H.. "Evolving a lingua franca and associated software infrastructure for computational systems biology: the Systems Biology Markup Language (SBML) project." IEE Systems Biology. 1(1), pp. 41--53, 2004.

Funahashi, A., Tanimura, N., Morohashi, M., and Kitano, H. "CellDesigner: a process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks." BioSilico. 1(5), pp. 159--162, 2003.

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