慶應義塾大学理工学部生命情報学科

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舟橋啓

(ふなはしあきら)

博士（工学）

居所：14-420

内線：48338

メール：funa＠bio.keio.ac.jp

生命現象を司る動作メカニズムを知るためには、各時点での断片的な現象を観察するだけでなく、経時的に十分短い時間間隔での観測と、その背景の理論解析が必要です。本研究室では、生命現象のダイナミクスを解明するのに必要な理論体系の整備と、その検証を可能とする解析技術基盤の開発を行っています。
Biologists are trying to collect data on each molecule through large-scale collaboration projects. While these studies are important, they cannot move beyond the role of "a part" to study a large, complex network. Collecting and analyzing data via classical modeling methods is not sufficient to analyze intracellular molecular networks. We are developing a novel theory and computational infrastructure to integrate the components into living systems, to answer the question “What is life?”

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略歴：

1995 慶應義塾大学理工学部卒業電気工学科卒業
1997 慶應義塾大学大学院理工学研究科計算機科学専攻修士課程修了
2000 慶應義塾大学大学院理工学研究科計算機科学専攻博士課程修了（博士（工学））
1997 日本学術振興会特別研究員（DC1）
2000 三重大学工学部情報工学科助手
2002 科学技術振興機構 ERATO-SORST 北野共生システムプロジェクト研究員
2004 　兼システムバイオロジー研究機構研究員
2004 　兼早稲田大学大学院理工学研究科非常勤講師
2004 　兼慶應義塾大学理工学部非常勤講師
2007 慶應義塾大学理工学部専任講師（生命情報学科）
2007 　兼システムバイオロジー研究機構客員研究員

学会活動：

情報処理学会、IEEE Computer Society

専門分野：

システム生物学、計算生物学、並列処理

授業担当科目：

バイオインフォマティクス第２、バイオプロミング第2、生命情報実験第２

最近の主な論文：

Funahashi, A., Jouraku, A., Matsuoka, Y., Morohashi, M., Kikuchi, N., Tanimura, N., and Kitano, H.: “CellDesigner: A Modeling Tool for Biochemical Networks.”, IEEE Special Issue on Computational Systems Biology, 2007.

Osana, Y., Yoshimi, M., Iwaoka, Y., Kojima, T., Nishikawa, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H.. "An FPGA-Based Biochemical Simulator ReCSiP." Systems and Computers in Japan. 2007.

Funahashi, A., Jouraku, A., Matsuoka, Y., and Kitano, H. "An integration of CellDesigner and SABIO-RK." In Silico Biology. 7 (S1). Mar. 2007. pp. 10.

吉見真聡, 長名保範, 岩岡洋, 西川由理, 小嶋利紀, 柴田裕一郎, 岩永直樹, 舟橋啓, 広井賀子, 北野宏明, and 天野英晴. "FPGAを用いた確率モデル生化学シミュレータ." 情報処理学会論文誌コンピューティングシステム. 2007.

長名保範, 吉見真聡, 岩岡洋, 小嶋利紀, 西川由理, 舟橋啓, 広井賀子, 柴田裕一郎, 岩永直樹, 北野宏明, and 天野英晴. "FPGAを用いた汎用生化学シミュレータReCSiP." 電子情報通信学会論文誌D. J89-D(6). June 2006. pp. 1163--1172.

Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H. "Analysis for Dimension-Restricted Kinetics with Bacterial Endonuclease Movement." WSEAS Transactions on Biology and Biomedicine. 3(1). January 2006. pp. 1--6.

Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H. "Comparative studies of suppression of malignant cancer cell phenotype by antisense oligo DNA and small interfering RNA." Cancer Gene Therapy. 13(1). January 2006. pp. 7--12.

Kitano, H., Funahashi, A., Matsuoka, Y., and Oda, K. "Using process diagrams for the graphical representation of biological networks." Nature Biotechnology. 23(8). August 2005. pp. 961--966.

Oda, K., Matsuoka, Y., Funahashi, A., and Kitano, H. "A comprehensive pathway map of epidermal growth factor receptor signaling." Nature Molecular Systems Biology. 1(1). May 2005. pp. 1--17.

Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B. J., Keating, S. M., Shapiro, B. E., Matthews, J., Kovitz, B. L., Schilstra, M. J., Funahashi, A., Doyle J. C., and Kitano, H.. "Evolving a lingua franca and associated software infrastructure for computational systems biology: the Systems Biology Markup Language (SBML) project." IEE Systems Biology. 1(1). September 2004. pp. 41-53.

Oda, K., Kimura, T, Matsuoka, Y., Funahashi, A., Muramatsu, M., and Kitano, H. "Molecular Interaction Map of Macrophage." AfCS Report. 2(14). August 2004. pp. 1--12.

Funahashi, A., Tanimura, N., Morohashi, M., and Kitano, H. "CellDesigner: a process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks." BioSilico. 1(5). November 2003. pp. 159--162.

Funahashi, A. "CellDesigner software: a graphical biological network editor and workbench interfacing simulator (Chapter 21 of Introduction to Systems Biology)." Sangdun Choi. Humana Press, NJ USA. 2007.

Hiroi, N. and Funahashi, A. "Kinetics of Dimension Restricted Condition (Chapter 14 of Introduction to Systems Biology)." Sangdun Choi. Humana Press, NJ USA. 2007.

Shapiro, B., Finney, A., Hucka, M., Bornstein, B., Funahashi, A., Jouraku, A., Keating, S., Novere, N., Matthews, J., and Schilstra, M. "SBML Models and MathSBML (Chapter 39 of Introduction to Systems Biology)." Sangdun Choi. Humana Press, NJ USA. 2007.

Finney, A., Hucka, M., Bornstein, B., Keating, S., Shapiro, B., Matthews, J., Kovitz, B., Schilstra, M., Funahashi, A., Doyle, J., and Kitano, H. "Software Infrastructure for Effective Communication and Reuse of Computational Models." Zallasi, Z. and Stelling, J. and Perial, V. MIT Press, NJ USA. ISBN: 0-262-19548-8. March 2006.

舟橋啓. "システムバイオロジー研究のためのソフトウェア標準化." バイオテクノロジージャーナル. 5(1). January 2005. pp. 39--46.

舟橋啓. "ソフトウェアの統合と標準化の基盤, SBML と SBW." 蛋白質核酸酵素. 48(7). July 2003. pp. 810--816.

舟橋啓, 諸橋峰雄, Hucka, M., Finney, A., Sauro, H., Bolouri, H., Doyle, J., and 北野宏明. "システムバイオロジーにおけるソフトウェア基盤." Nature Insight. 423(6940). June 2003. pp. 48--57.

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